Strumento di notevole bellezza, ricco di stratificazioni; nucleo fonico originale del 1686, opera di Giacomo Alari, come rinvenuto da un contratto nell'archivio della Basilica. Fu oggetto di un profondo ampliamento eseguito dalla famiglia Priori nel 1884; il rifacimento comporto' un nuovo somiere cromatico di 54 note e l'utilizzo di tutto il materiale fonico antico. Lo spazio disponibile nella nicchia in muratura retrostante fu riempito all'inverosimile dai bassi di due registri aperti di  16':  il principale ed i contrabassi, originali. Dopo accurate valutazioni, il corista impostato all'epoca del rifacimento del Priori è stato valutato in 435 Hz a 18°C, esaminando le canne di legno giunte a noi in ottime condizioni. Basandosi su questo corista, solamente una canna in legno ha richiesto l'allungamento. L'organaro romano ha aggiunto 5 canne in legno per i cromatici nel principale primo  8' bassi  in mostra, trasponendo cosi' il probabile corista romano originale a 392 Hz e cromaticizzando la prima ottava scavezza. Aggiunge inoltre ulteriori meccaniche per l'azionamento dei somieri aggiunti nel fondo ed ai lati dell'organo, operando in modo efficace e funzionale. Nell'ultimo restauro di Paolo Quaresima (1924) viene costruita una pedaliera di pessima fattura; l'originale di Priori è perduta. E' stata pertanto ricostruita una pedaliera moderna estesa da 18 a 27 tasti, in ossequio alla scelta concordata con la Sovrintendenza di mantenere la reversibilità ma valorizzare le stratificazioni storiche, ottenendo cosi' maggiore poliedricità su uno strumento insolitamente ricco nella disposizone fonica, che si basa sul Principale 16' Bassi e Soprani,  ben 2 principali di 8' B/S, ripieno a file separate fino alla XXIX, flauto in VIII, un flauto in XII completo a partire dal C2, Fagotto Bassi 8' e Tromba 8' Soprani, Tromba 16' Soprani, Cornetta Soprani, Voce Angelica 4', Viola 4', Contrabbassi 16' al pedale. Purtroppo le ance originali  sono andate completamente perdute e la ricostruzione è stata effettuata  nei nostri laboratori di St. Uze in Francia; ovviamente la costruzione è interamente manuale, e si basa su modelli e misure di ance dei Priori originali, come il Fliscorno di 16' dell'organo Priori di S. Salvatore in Lauro, opera anteriore.